Die Kooperation E-Medien Österreich wird mit 1. Juli 2005 auf Initiative der AG Bibliotheksdirektorinnen und -direktoren ins Leben gerufen. Zu den Gründungsmitgliedern zählen 14 Universitätsbibliotheken. Bereits ein halbes Jahr nach ihrer Gründung wächst die Kooperation E-Medien 2006 auf 29 Mitglieder. In den ersten drei Jahren wird die Kooperation durch die Karl-Franzens-Universität Graz, wo die sich Konsortialstelle befindet, vertreten und von Helmut Hartmann geleitet.
Mit dem neuen Vertrag treten am 1. Juli 2008 weitere 20 Institutionen aus unterschiedlichen Bereichen des tertiären Bildungswesens und der wissenschaftlichen Forschung der Kooperation bei, die nun aus 48 Einrichtungen besteht. Die Aufgabenverteilung und Funktionen der entsprechenden Gremien werden vertraglich neu geregelt und es wird ein Kooperationsausschuss eingerichtet. Die OBVSG fungiert als neue Trägerorganisation und wird Dienstgeber für die Mitarbeiter*innen der Geschäftsstelle.
Am 1. Juli 2015 feiert die Kooperation mit einer Festveranstaltung ihr 10-jähriges Bestehen.
In den folgenden Vertragsperioden werden sowohl die Aufgaben als auch das Team der Geschäftsstelle sukzessive erweitert. Arbeitsgruppen zu fachspezifischen Fragestellungen und Entwicklungen tragen dazu ebenso bei wie die Anpassung der operativen Arbeit an veränderte Geschäfts- und Publikationsmodelle.
Am 1. Jänner 2025 begann für die nunmehr 66 Mitglieder der Kooperation E-Medien Österreich die siebte Vertragsperiode; das siebenköpfige Team der Geschäftsstelle betreut Konsortien aus allen relevanten Fachgebieten, davon ca. ⅓ Open-Access-Abkommen.
Im Jahr 2025 hat die KEMÖ ihr 20-jähriges Bestehen gefeiert.
Mit dem Beitritt weiterer Einrichtungen besteht die Kooperation E-Medien Österreich ab 2026 aus 69 Mitgliedseinrichtungen.